Εκτός από την τυπική διδασκαλία των διαφορετικών επιστημονικών πεδίων οι μαθητές κάθε τάξης συμμετέχουν σε εκπαιδευτικά προγράμματα και εκπονούν διαθεματικές εργασίες. Τα προγράμματα αυτά αφορούν  πολιτιστικά θέματα, θέματα αγωγής υγείας,  περιβαλλοντικής εκπαίδευσης και κοινωνικής ευαισθητοποίησης. Στην Α γυμνασίου μάλιστα υπάρχει ενσωματωμένη στο ωρολόγιο πρόγραμμα  αυτόνομη μία ώρα  κατά τη διάρκεια της οποίας οι μαθητές ανά τρεις μήνες αλλάζουν και πεδίο έρευνας. Τα θέματα των προγραμμάτων προέρχονται από το άμεσο περιβάλλον τους, είναι πολύπτυχα και δίνουν δυνατότητες διαθεματικής προσέγγισης, παρέχοντας ολιστική προσέγγιση της γνώσης. Μέσα από τα προγράμματα αυτά ενισχύεται η συνεργατική, βιωματική και ανακαλυπτική μάθηση και ενθαρρύνεται η δημιουργική και ελεύθερη έκφραση.

Για την υλοποίηση των προγραμμάτων η Σχολή μας συνεργάζεται  με δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς, έχει σταθερή συνεργασία με το γαλλικό ινστιτούτο και τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή, την Πόρτα Ανοιχτή και τη Σχολή Καλών Τεχνών. Παράλληλα  οργανώνονται επισκέψεις σε χώρους πολιτισμού και επιστήμης και προσκαλούνται ειδικοί επιστήμονες.

Τα πολύμηνα εκπαιδευτικά προγράμματα περιλαμβάνουν  συνήθως και ένα εκπαιδευτικό ταξίδι , το οποίο πραγματοποιείται το διάστημα Μαρτίου-Απριλίου, ενώ τα αποτελέσματα της έρευνας των μαθητών παρουσιάζονται στην σχολική κοινότητα τον Μάιο.