Το Ελληνικό Γυμνάσιο της Ελληνογαλλικής Σχολής Ευγένιος Ντελακρουά ακολουθεί το πρόγραμμα του Ελληνικού Υπουργείου Παιδείας με διάφορες τροποποιήσεις ώστε να εναρμονίζεται με αυτό του Γαλλικού συστήματος. Οι παρεκκλίσεις του σχολείου αφορούν στις διδακτικές ώρες, στις διακοπές, στα παιδαγωγικά προγράμματα και στη διδασκαλία μαθημάτων στη γαλλική γλώσσα.

Πιο συγκεκριμένα  οι μαθητές διδάσκονται:

Στην Α' Γυμνασίου :

• τη γαλλική γλώσσα 5 ώρες εβδομαδιαίως
• το μάθημα της Economie Sociale (Οικιακή οικονομία) στα γαλλικά
• το μάθημα της Τεχνολογίας εν μέρει στα γαλλικά και κατά το γαλλικό πρόγραμμα σπουδών
• μία εκ των δύο ωρών του μαθήματος της Φυσικής Αγωγής στα γαλλικά
• το μάθημα των καλλιτεχνικών εν μέρει στα γαλλικά
• τις βιωματικές δράσεις - ερευνητικές εργασίες κατά το γαλλικό σύστημα
• παιδαγωγικά προγράμματα που αφορούν στη φιλαναγνωσία, αγωγή υγείας, κοινωνικής και περιβαλλοντικής ευαισθητοποίησης
• την αγγλική γλώσσα 3 ώρες την εβδομάδα

Στη Β' Γυμνασίου :

• τη γαλλική γλώσσα 5 ώρες εβδομαδιαίως
• ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στον προφορικό λόγο μέσω του μαθήματος Production orale/Actualité française    1 ώρα εβδομαδιαίως
• μία εκ των δύο ωρών του μαθήματος της Φυσικής Αγωγής στα γαλλικά
• το μάθημα της Τεχνολογίας εν μέρει στα γαλλικά και κατά το γαλλικό πρόγραμμα σπουδών
• το μάθημα των καλλιτεχνικών εν μέρει στα γαλλικά
• τις βιωματικές δράσεις - ερευνητικές εργασίες κατά το γαλλικό σύστημα
• την αγγλική γλώσσα 3 ώρες εβδομαδιαίως

Στη Γ' Γυμνασίου :

• τη γαλλική γλώσσα 5 ώρες εβδομαδιαίως
• ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στον προφορικό λόγο μέσω του μαθήματος Production orale/Actualité française      1 ώρα εβδιμαδιαίως
• το μάθημα της Τεχνολογίας εν μέρει στα γαλλικά και κατά το γαλλικό πρόγραμμα σπουδών
• το μάθημα των καλλιτεχνικών εν μέρει στα γαλλικά
• το μάθημα της Κοινωνικής και Πολιτικής Αγωγής εν μέρει στα γαλλικά
• στο μάθημα της Λογοτεχνίας κείμενα γάλλων συγγραφέων και γαλλικές μεταφράσεις ελλήνων συγγραφέων
• στο μάθημα της Ιστορίας παραθέματα στα γαλλικά σε  συγκεκριμένα κεφάλαια πχ Γαλλική Επανάσταση
• την αγγλική γλώσσα 3 ώρες εβδομαδιαίως

Στο πρόγραμμα σπουδών του Γυμνασίου εντάσσεται επίσης η προετοιμασία και η απόκτηση πιστοποίησης γλωσσικής επάρκειας στα γαλλικά και τα αγγλικά (διπλώματα DELF/DALF και FCE ή CPE) ανάλογα με το επίπεδο των μαθητών.

Λειτουργούν τμήματα προετοιμασίας δύο  (2) ωρών εβδομαδιαίως επιπλέον των ωρών διδασκαλίας για τους μαθητές που θα εξεταστούν  στα διπλώματα γαλλικών Β2, C1 & C2 και αγγλικών FCE και CPE κάθε Τετάρτη  και Παρασκευή 14.40 - 16.25